巢湖市人民法院现设有政治部、综合办公室、审判管理办公室（研究室）、立案庭（诉讼服务中心）、刑事审判庭、民事审判一庭、民事审判二庭、环境资源审判庭、行政审判庭（综合审判庭）、执行局（执行庭）、司法法警大队11个内设机构；下设柘皋中心法庭、烔炀中心法庭、槐林中心法庭、黄山法庭。
